ネパールでは、1992年に設立されたNGO法人「グリーンライフ研究所・ネパール」を前身として開教活動が始まった。同法人の代表であった向坊弘道氏とインド・南シッキム出身の僧侶ソナム・ワンディ・ブティヤ氏との出会いが大きな転機となっている。寺院建立の計画が進められるなか、2006年、向坊氏が急逝。その意志はソナム氏へと受け継がれ、2014年寺院が完成し、2016年3月6日、即如上人ご親修にて落成慶讃法要が厳修された。

ネパールにおける開教拠点は初めから真宗寺院の形を取っていたわけではなく、1992（平成4）年に設立されたNGO法人「グリーンライフ研究所・ネパール」が前身となっている。福岡県北九州市出身の真宗門徒であった向坊弘道氏によって始められた社会福祉事業を目的として設立された団体であった。同氏は車椅子の無償交付という社会福祉事業を行う傍ら、伝道活動を展開していった。

1998（平成10）年、インドのブッダガヤでの向坊氏とソナム・ワンディ・ブティヤ氏との出会いが、ネパールでの真宗伝道の大きな転機となっている。インド・南シッキムの出身で、幼少時よりチベット仏教の僧侶として修業を積んできたソナム氏であるが、向坊氏との出会いを重ねるうちに、自身が学んできた仏教とは全く異なる他力念仏の教えに強く惹かれ、浄土真宗へと転向する決意を固める。2002（平成14）年に来日し、宗派留学生として中央仏教学院にて修学。

2003（平成15）年にはネパール・カトマンズに寺院建立計画が立てられ、日本国内の賛同者や宗派の支援のもと、翌2004年より建設が開始された。2006（平成18）年7月、宗派より正式にネパールが開教地指定を受け、名称を「カトマンズ本願寺」と定め、初代開教事務所長にソナム氏が就任した。同年、向坊氏が急逝するが、その意志は確かにソナム氏へと受け継がれ、ついに2014年、本堂部分の建設が終了し、2016（平成18）年3月6日には、即如上人ご親修にて落成慶讃法要が厳修された。

ネパールにおける開教の歴史はまだ浅いものの、カトマンズを拠点として、法要儀式や法話会などの布教伝道だけに留まることなく、様々な社会貢献活動を積極的に取り組んでいる。特に2015（平成27）年4月25日に発生したネパール地震の際には、日本国内、海外開教区より寄せられた義捐金によって、被災地域での復興支援活動や、2つの学校建設を行った。またその他にも、献血や古着の配布、車椅子の無償交付、無料での健康診断、日本語学校の開催など、若い世代を中心として活発な寺院活動を展開している。